O CEP.UP-MAPUTO funciona em coordenação com os Conselhos Científicos das Faculdades, Escolas, Institutos e Centros em todo o processo deliberativo e de funcionamento daquele órgão.
As actividades desempenhadas pelos membros do CEP.UP-MAPUTO não são de caráter remuneratório, todavia, os membros recebem uma senha de presença em cada sessão de acordo com as tabelas em vigor na instituição estabelecidas para o efeito

No exercício de suas funções os membros do CEP. UP-Maputo devem ser dispensados das suas obrigações na instituição no horário de trabalho no Comité.   
Os membros do CEP.UP-MAPUTO gozam de independência nas suas decisões e procedimentos aquando do exercício das suas funções, mantendo sob sigilo os processos e o respectivo conteúdo dos documentos, discussões, informações, assim como da identificação e/ou exposição dos pesquisadores, e dos proponentes das actividades de pesquisa desenvolvidas no Comité.    

No processo deliberativo o CEP.UP-MAPUTO pode ser auxiliado pelos painéis de especialidade: bioética envolvendo humanos e animais, meio ambiente, biossegurança, etc. 
Os membros do CEP.UP-MAPUTO deverão declarar os conflitos de interesse que possam interferir com a emissão de parecer a que forem solicitados;
Os painelistas de especialidade, não sendo membros plenos do CEP. UP-Maputo, deverão ser remunerados ao final de sua actividade sem prejuízo de emissão de respectivo certificado que atesta o exercício daquela função.  

Periodicidade das Sessões

O CEP.UP-MAPUTO reúne-se, ordinariamente, em conformidade com o calendário estabelecido e, extraordinariamente, sempre que convocado pelo Presidente por sua iniciativa ou por requerimento da maioria dos seus membros. 

A convocação para a reunião extraordinária dos membros do CEP.UP-MAPUTO deve ser feita por escrito com uma antecedência mínima de 07 (sete) dias, incluindo a respectiva agenda.

Cada sessão do CEP.UP-MAPUTO é documentada por uma acta aprovada e assinada pelo Presidente e anexando-se a lista dos membros presentes, a qual é arquivada no secretariado do CEP. UP-Maputo;

O CEP.UP-MAPUTO deve manter em arquivo todo o protocolo tramitado por um período de 05 (cinco) anos após o encerramento do caso. 

Fluxograma Funcional